ФГБУ «ГОИН» имеет лицензии: 
- Лицензия  № Р/2015/2745/100/Л на осуществление деятельности в области гидрометеорологии и в смежных с ней областях (за исключением указанной деятельности, осуществляемой в ходе инженерных изысканий, выполняемых для подготовки проектной документации, строительства, реконструкции объектов капитального строительства)” выдана  Федеральной службой по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды 11 февраля 2015 года  с бессрочным сроком действия
  - Лицензия на осуществление картографической деятельности,  выдана Федеральным агентством геодезии и картографии Министерства транспорта РФ  24 апреля 2007 г.,  Рег.номер РК-10630К,  действительна до 24  апреля 2012 г.
  - Лицензия на осуществление геодезической деятельности,  выдана Федеральной службой государственной регистрации, кадастра и картографии  25 февраля 2010 г.,  Рег.номер МОГ-07420Г,  действительна до  25 февраля 2015 г.
  - Свидетельство о допуске к определенному виду или  видам работ, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального  строительства, выдано НП содействия развитию инженерно-изыскательской отрасли «Ассоциация  Инженерные изыскания в строительстве» («АИИС») от 27 декабря 2011 г., №01-И-№0363-2, рег.  номер АИИС И-01-0363-2-27122011, без ограничения срока и территории его действия.
  - Аттестат аккредитации аналитической Лаборатории  гидрохимии морских и поверхностных вод и Лаборатории прикладной гидрохимии и  аналитической химии №001005, выдан Федеральным агентством по техническому  регулированию и метрологии 21 августа 2007 г., номер в Государственном реестре №РОСС  RU.0001.514801, действителен до 02 июля 2012 г.
  - Лицензия на ведение образовательной деятельности  (аспирантуры) - бессрочная, № ААА 001960, рег. № 1874 от 29 сентября 2011 г., выдана Федеральной  службой по надзору в сфере образования и науки Министерства образования и науки  Российской Федерации, по специальностям:  
  25.00.28 океанология, 
  25.00.29 физика атмосферы и гидросферы, 
  25.00.36 геоэкология. 
  - Лицензия ФСБ на осуществление работ, связанных с  использованием сведений, составляющих государственную тайну,  ГТ №.0036967 от 30.08.3011, рег.номер 19976,  срок действия – до 30.08.2016 г.
 
                             
                                 
                                